Marnix Kolder is geboren in Winschoten dat zoals bekend een broedplaats van groot voetbaltalent is. Zijn eerste schreden op het voetbalveld zette hij bij het plaatselijke Bato om later in de jeugd over te stappen naar het grotere WVV. Zijn talent werd al spoedig ontdekt want op veertienjarige leeftijd ging hij over naar de jeugd van BV Veendam. Een jaar later mocht hij al af en toe met de A-selectie mee trainen. FC Groningen en PSV hadden ook belangstelling voor de lange aanvaller maar kregen nul op het rekest.
Marnix Kolder in Oranje onder 16 jaar.
BV Veendam werd destijds getraind door Henk Bodewes die begin oktober 1997 Marnix Kolder liet debuteren. Als zestienjarige mocht hij op 4 oktober in de thuiswedstrijd tegen ADO Den Haag invallen voor Bert Stokkingreef, de toen veel bekritiseerde spits die tegen ADO echter twee maal scoorde. Het was de 66e minuut maar aan aanvallen kwam de jonge Kolder niet echt toe want bij BV Veendam had net Armand MacAndrew een rode kaart gekregen. BV Veendam hield stand en won met 4-3. Twee dagen later speelde Marnix Kolder in de reserves tegen Heracles en hij scoorde in de eerste helft een hattrick. Zijn eerste doelpunt in de eerste divisie viel op 13 december van dat zelfde jaar en het was een belangrijke. Hij was ingevallen voor Brian Launders en scoorde in de 89e minuut de gelijkmaker tegen FC Dordrecht waardoor het duel in 1-1 eindigde.
Een paar weken na zijn debuut werd Marnix Kolder opgeroepen voor Oranje onder 16 dat zich voor het EK wilde kwalificeren. Oranje verloor met 2-1 van Finland waardoor het de kwalificatie misliep maar Kolder scoorde de enige goal. Hij werd later regelmatig voor diverse Oranje selecties opgeroepen maar wekte in de zomer van 2001 verbazing toen hij de uitnodiging voor Jong Oranje, dat ging deelnamen aan het WK onder 21 in Argentinië, naast zich neer legde omdat hij zich liever op een doorbraak bij BV Veendam wilde concentreren.
De seizoenen gingen voorbij en de trainers kwamen en gingen bij BV Veendam, na Bodewes kwamen Azing Griever, Martin Koopman en Jan Korte, maar Marnix Kolder bleef. De grote doorbraak liet echter op zich wachten. Jan Korte liet hem zelfs ongeduldig geworden een tijdje als voorstopper opereren. Met de komst van Joop Gall in het seizoen 2005/06 ging het echter opwaarts met Marnix Kolder. Hij scoorde altijd wel regelmatig zonder tot grote aantallen te komen maar in dat jaar had hij een reeks van acht wedstrijden waarin hij tien keer scoorde. Dat zette zich een seizoen later door en buurman FC Groningen trok aan de bel. In de tweede helft van 2006/07 werd hij voor een bedrag van 48.000 gulden naar de eredivisieclub getransfereerd.
Het verblijf in Groningen was geen succes voor Marnix Kolder. Hij speelde weinig, raakte een tijdje geblesseerd maar was nog wel in twee Uefa Cup duels tegen Fiorentina van de partij. Trainer Ron Jans liet hem na het seizoen 2007/08 weten dat hij mocht vertrekken als er een andere club kwam opdagen. Die kwam er met het Limburgse VVV-Venlo waar Mister FC Groningen Jan van Dijk trainer was geworden. Marnix Kolder werd voor 125.000 gulden over genomen maar ook daar was het sportief gezien geen succes. Hij begon in de basis, scoorde vier keer maar raakte in de tweede helft op de achtergrond. VVV werd kampioen en promoveerde naar de eredivisie. Marnix Kolder ging niet mee maar keerde terug naar Veendam, de plaats waar het allemaal was begonnen. Joop Gall was in 2009/10 nog steeds trainer aan de Langeleegte en kon Kolder goed gebruiken. Het kostte de club tegen het einde van het seizoen wel aftrek van een punt omdat BV Veendam de huursom (82.000 euro) aan VVV niet had betaald. De club zat volledig op zwart zaad, werd zelfs failliet verklaard maar overleefde toch nog op wonderbaarlijke wijze.
Na het sportief gezien goede seizoen 2010/11 leek er een einde aan de betaald voetbal carrière van Marnix Kolder te komen. Hij kon met de club geen overeenstemming over een nieuw contract krijgen en besloot te stoppen. Hij vroeg overschrijving aan naar topklasser Harkemase Boys, speelde ook in oefenwedstrijden mee maar kreeg kort voor competitie begin de kans om naar Go Ahead Eagles te gaan. Daar was inmiddels Joop Gall trainer geworden en die kende Kolder natuurlijk door en door. Gall maakte het seizoen in Deventer echter niet af maar Marnix Kolder bleef en speelde tot ieders tevredenheid ook nog twee seizoenen met de Deventenaren in de eredivisie.
Na afloop van zijn contract bij Go Ahead Eagles kwam FC Emmen in beeld. Het had een opvolger voor Roland Bergkamp nodig en Marnix Kolder was ondanks zijn voor een voetballer hoge leeftijd (34) fit genoeg om dat aan te kunnen. Met als gevolg dus dat de mijlpaal van vijfhonderd competitiewedstrijden is gehaald. Iets waar maar weinigen in het profvoetbal aan toe zijn gekomen.